לפני שנים רבות הייתה ילדה קטנה בשם "היידי", עקב אובדן הוריה, דודתה טיפלה בה במסירות בכפר קטן.
יום אחד לקחתה אותה הדודה לבקתה קטנה של סבא שלה שנמצא בהרים, סבא היה זקן כעוס שגר בבקתה קטנה בהרי האלפים, זו הייתה הפעם הראשונה שבה היידי ראתה את סבה, דודה שלה השאירה אותה איתו וחזרה לעיר.
סבא של היידי היה רגיל לחיות בבדידות, הרחק מאנשים, ודווקא שמח שהנכדה שלו הייתה שם אבל לא הראה לה זאת. סבא הכין להיידי מיטה נחמדה ונעימה והיידי אהבה את סבה ממבט ראשון.
כשהיידי התעוררה בבוקר הראשון היא הלכה עם סבא והכלב שלו לטיול בטבע, הכלב עזר לסבא להפיג את הבדידות והיה כמו לבן משפחה נוסף בבקתה הקטנה.
יום אחד היידי יצאה לטייל על הגבעות ופגשה את פיטר רועה הצאן, פיטר ראה את היידי ואמר: "את חדשה כאן? מעולם לא ראיתי אותך באיזור", היידי ענתה "כן! הגעתי לפני מספר ימים כדי לגור עם סבא שלי", פיטר והיידי הפכו לחברים והתחילו לטייל ביחד בטבע עם העיזים, האזור היה יפה ומרגש עבורה, היא למדה הרבה מפיטר על איך זה להיות רועה צאן.
למרות שסבא לא הראה חיבה הוא אהב מאוד את היידי, הוא היה דואג כשהוא היא הייתה יוצאת להרבה זמן ותמיד מחכה לה בבית עם אוכל חם, היידי עזרה לסבא בבית והם היו מאושרים, הפעילות שהיא הכי אהבה הייתה לאפות לחם טעים בתנור העצים של סבא, היא נהגה לקחת חלק מהלחם כדי לתת לפיטר ולסבתא שלו, ובתמורה סבתא של פיטר הייתה נותנת לה חלב עיזים משובח.
כשנגמר הקיץ פיטר חזר לבית הספר והיידי כעסה, היא הייתה קטנה מדיי בשביל בית ספר ולא הייתה לה מסגרת כלשהי, היא מצאה את עצמה לבד בהרים, היידי המשיכה לטייל אבל היה לה מאוד משעמם לבד בין הגבעות.
יום אחד בזמן הטיול שלה בטבע היא שמעה את דודתה צועקת "היידי! איפה את?", היידי פגשה את דודתה לאחר לא מעט זמן ודודתה אמרה לה שהגיע הזמן ללכת לעיר הגדולה כדי ללמוד בבית הספר. היידי ברחה לבית הסבא ואמרה שהיא לא רוצה לחזור לעיר, היא רוצה להישאר כאן עם סבא, סבא חיבק את היידי וביקש מהדודה ללכת, הוא לא הסכים שהיידי תחזור לבית הדודה, לאחר שיחה ארוכה הסבא הגיע למסקנה שכדאי שהיידי תחזור כדי שתלמד לקרוא ולכתוב, "אני לא רוצה לעזוב אותך" אמרה היידי בעצב, דודתה הבטיחה לה שהם יבואו לבקר, וכך עזבו הדודה והיידי את בית הסבא.
לאחר מספר שעות בנסיעה ברכבת הם הגיעו לאחוזה גדולה, "וואו איזה בית ענק" אמרה היידי בשמחה, שם היא פגשה את "קלרה" שהייתה בערך באותו הגיל שלה, לקלרה היה כיסא גלגלים והיא נעזרה בו כדי להתנייד. הן הפכו לחברות טובות, היידי לא ידעה הרבה על החיים בעיר הגדולה, סבתה של קלרה גרה באחוזה גם כן, היא הייתה גברת קשוחה וקפדנית – "קומי ילדה עצלנית" היא אמרה בבוקר, "הגיע הזמן ללמוד, הזמן קצר והמלאכה מרובה!"
סבתא של קלרה ניסתה ללמד את היידי איך להשתמש במזלג וסכין כמו האנשים הרגילים בעיר, היא לימדה אותה קריאה וכתיבה ואפילו ציור ושירה. היידי אהבה להיות עם קלרה אבל התגעגעה מאוד להרים ולסבא שלה, מרוב געגועים לא היה לה אפילו תאבון, לאחר זמן מסויים החליטו לשלוח אותה בחזרה לסבא בהרים.
קלרה הייתה עצובה מאוד שהיידי עזבה אבל סבתה הבטיחה לה שהם ילכו לבקר אותה בהרים בקיץ הבא. היידי שמחה לחזור להרים ולסבא, היא הלכה לכיוון בית סבא והתעייפה מאוד, עצרה וישבה ליד העץ האהוב עליה, היא התבוננה בנוף המדהים ונשמה נשימה עמוקה.
לאחר מכן המשיכה ללכת עד שהגיעה לבית הסבא, היא חיבקה אותו חזק חזק, סבא חייך ושמח מאוד לראות אותה, לאחר מספר חודשים היידי שמחה לראות מכתב שהתקבל מ"קלרה" חברתה הטובה שאמרה שהיא בקרוב תבוא לבקר אותם.
היידי אהבה מאוד את פיטר אבל פיטר היסס בקשר להיידי כי פחד שהיא תחזור שוב לעיר הגדולה עם קלרה. קלרה, פיטר והיידי העבירו הרבה זמן בטבע בין ההרים, האוויר הצח הרגיע אותם והפירות הטריים היו משובחים מאוד, פיטר התחיל לקנא מאוד בקלרה בגלל הקשר הקרוב שלה עם היידי.
יום אחד פיטר החליט לזרוק את כיסא הגלגלים של קלרה מהצוק בזמן ששתי הבנות ישבו לנוח ליד העץ, פיטר זרק את כיסא הגלגלים וחשב שזה יפתור הכל – כך היא לא תוכל לטייל עם היידי ויהיה לנו יותר זמן ביחד, פיטר טען שהוא עשה זאת כדי לעזור לקלרה ללכת בכוחות עצמה ואין לה באמת צורך בכיסא הזה, להיידי וקלרה היה קשה להאמין לו.
קלרה הבינה שאין לה ברירה והיא חייבת לחזור לבקתה בעזרתה של היידי, לאט לאט קלרה התחילה ללכת ולאחר מספר ימים הצליחה ללכת לגמרי לבדה: "וואו – אני לא מאמינה שאני הולכת! תודה רבה לכם!".
יום אחד אבא וסבתא של קלרה באו לבקר וכאשר ראו אותה צועדת הם לא האמינו למראה עיניהם, הם הודו לסבא ולהיידי על כל העזרה והנתינה, פיטר הצטער על מה שעשה וכולם סלחו לו, הם צחקו והתחבקו מרוב שמחה, קלרה ומשפחתה הבטיחו לבוא לבקר גם בקיץ הבא וכולם חיו באושר ועושר.